提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
重庆2023年将办首届“乡博会” 向国际推广中国减贫经验******
中新网重庆1月15日电 (梁钦卿)为更好向国际社会交流推广中国减贫经验和乡村振兴实践,决定2023年11月在重庆举办首届全国乡村振兴国际博览会(简称“乡博会”),这也是全国首个以“乡村振兴”为主题的专业性展会,为全面推进乡村振兴提供国际性的展示交流合作平台。
在15日举行的重庆市六届人大一次会议第二场专题记者会上,重庆市乡村振兴局党组书记、局长刘贵忠透露上述信息。
据了解,首届“乡博会”的情况主要有以下三个方面。
一是首届“乡博会”拟由商务部、国家乡村振兴局、重庆市人民政府指导,中国国际经济技术交流中心主办,中国国际扶贫中心、重庆市乡村振兴局、重庆市商务委协办,联合国开发计划署等国际组织支持。
二是首届“乡博会”拟设四大类活动。第一是举办“全球减贫合作伙伴研讨会”等论坛会议;第二是集中展示国家及各省区市在减贫脱贫、巩固脱贫攻坚成果、乡村振兴领域的主要成就和特色项目等;第三是邀请境外国家和地区、各省区市、商会协会等机构和企业开展产销对接、业务洽谈等;第四是安排参展参会的人员考察重庆脱贫攻坚、乡村振兴等方面的经验做法和成就。
三是“乡博会”是一个汇聚全球资源、贡献中国智慧、讲好中国故事的重要载体,也是展示重庆形象、传递重庆声音、促进交流发展的重要平台。按照外交部、国家乡村振兴局的要求,中国南亚国家减贫与发展合作中心于2021年7月在重庆正式启用,已成功举办两期“南亚国家减贫与发展研修班”、两期“上合组织国家减贫与发展研修班”,在交流减贫经验与乡村振兴实践、开展项目合作等方面进行了有益探索。“乡博会”是更好地向国际社会交流推广中国减贫经验、乡村振兴实践的重要平台,必将进一步凝聚国际减贫合作共识,推动全球减贫事业。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)